هناك العديد من المشكلات التي تحول دون رعاية الطلاب الموهوبين في المدارس ، والتي من أهمها :
1 . استخدام تقنيات و محكات غير كافية مثل تقديرات المعلمين ، وعدم وجود أساليب حديثة للاختبارات المدرسية للكشف عن الطلاب الموهوبين ، لأن هذه الأدوات لا تعد كافية لتحقيق هذا الغرض وفي أحيان أخرى قد لا تعد مناسبة.
2 . عدم ملائمة المناهج الدراسية والأساليب التعليمية لرعاية الموهوبين يفشل كثير من الطلاب الموهوبين في تطوير جانب كبير من استعداداتهم بسبب المعوقات والضغوط التي تنجم عن عدم انسجامهم مع المناهج والأساليب التعليمية ووسائل تنفيذها وأساليب تقويمها في المدارس ، فهي لا تتناسب وقدراتهم كما لا توفر لهم فرص الدراسة المستقلة، ولا تحفز حبهم للاستطلاع وشغفهم للبحث وإجراء التجارب.
3.عدم وجود كوادر متخصصة سواء على المستوى التربوي أو المؤسسي أدى إلى قصور فهم المعلم للطلاب الموهوبين وحاجاتهم ,لذلك إن تطوير البرامج الدراسية بدرجة تحقق المتطلبات الأساسية لتنمية استعدادات الموهوبين يعد شرطاً ضرورياً لرعايتهم ، لكنه لا يعد كافياً ما لم يكن هناك معلم كفء للعمل مع هذه الفئات من الطلاب . فالمعلم هو عماد العملية التعليمية وأساسها ، وهو الذي يهيئ المناخ الذي من شأنه إما أن يقومن ثقة الطالب بنفسه أو يزعزعها ، يشجع اهتماماته أو يحبطها ، ينمي مقدراته أو يهملها ، يقدح إبداعيته أو يخمد جذوتها ، يستثير تفكيره أو يكفه ، يساعده على التحصيل والإنجاز أو يعطله
4. عدم توافر أخصائيين نفسيين مدرسين في الوقت الراهن يقومون بتطبيق الاختبارات والمقاييس النفسية كاختبارات الذكاء واختبارات التفكير الابتكاري ، واختبارات القدرات والاستعدادات الخاصة .
5. عدم وجود تعريف موحد للطالب الموهوب:
§ حيث نجد أن هناك اختلافاً كبيراً في المسميات بين العاملين في الميدان التربوي لمصطلح موهوب إذ يطلق عليه عدة مسميات مختلفة منها متفوق ، نابغة ، عبقري ، مبتكر ، ذكي ، مبدع ,لامع ... الخ .
§ كما أن هناك اختلافاً في الطرق المستخدمة في تحديد هؤلاء الطلاب الموهوبين لدى المتخصصين ، فمنهم من يعتمد على الوصف الظاهري للسمات الشخصية كوسيلة لتحديد الموهوب ، ومنهم من يعتمد على معاملات الذكاء ، وفريق ثالث يستخدم مستوى التحصيل الدراسي ، وفريق رابع يعتمد على محكات متعددة تبعاً لتعدد القدرات الخاصة
6 . عدم إعطاء الطالب الحرية التامة في اختيار النشاط الذي يرغبه ويتوافق مع ميوله وهواياته.
7 . إهمال إنتاج الطلاب وإبداعاتهم وعدم إبرازها والإشادة بها ، وعدم توفر الحوافز التشجيعية للطلاب بالشكل اللازم سواءً على مستوى المدارس أو المحافظة .
8 . عدم توافر مقرات وأماكن خاصة بكل نشاط يمارس فيها الطلاب النشاط وذلك بسبب عدم وضع النشاط في الاعتبار عند تخطيط المدارس .
9 . بالرغم من توافر الأدوات والآلات اللازمة للقيام بالأنشطة الفنية والمهنية كأدوات الرسم والكهرباء والسباكة والميكانيك ،فهي لا تفي بالغرض المنشود ؛ لإن تخصيص حصة واحدة للنشاط أو التخطيط للنشاط في الأسبوع غير كافية . والمشكلة تكبر في عدم توافر الأدوات والآلات اللازمة للقيام بالأنشطة.
10 . إن مطالبة المدرسين بتنفيذ النشاط أثناء اليوم الدراسي دون تخصيص أوقات معينة مطلب غير كاف إذا لم يتابع ويحاسب المقصر بعدم تنفيذه .
11 . قلة البرامج المعدة مسبقاً من قبل إدارات التعليم والتي تهدف للكشف عن الطلاب الموهوبين واقتصارها على التربية الفنية أو الإلقاء والتعبير والرياضة .
12 . عدم قدرة المعلمين الرواد في الأنشطة المختلفة على التخطيط لاكتشاف الطلاب الموهوبين وابتكار البرامج المناسبة ، بسبب عدم إيمانهم أو عدم مطالبتهم بذلك أو قلة خبرتهم أو جهلهم بالأهداف .
13. عدم إشراك الطلاب فعلياً في عملية التخطيط والتنظيم لبرامج النشاط بسبب الاهتمام بالأمور الشكلية والكتابية في النشاط ، وبسبب فقدان الثقة بين الطالب والمشرف على النشاط في الأنشطة الطلابية المختلفة